任何改革都不是一帆风顺的。农村税费改革的巨大成果，得到了广大农民群众的热烈拥护和支持，这是不言而喻的。然而，我们在充分肯定成绩的同时，也必须看到税费改革后存在的不容忽视的诸多问题。

    一是乡村负债数额大，债务化解难。由于地方经济发展缓慢，财政困难，保稳定与谋发展矛盾突出，同时不少地方和相关部门债务风险意识淡薄，监督不到位,管理混乱，多年来，兴修农田水利、村村通水泥路项目贷款、道路修建养护、农村教育、救济等费用形成了巨额乡村债务。

    二是基层收入甚微，机构正常运转困难。大部分乡村集体财力微薄，乡镇只剩下为数极少的工商税，取消了原先纳入财政预算和财政财务开支的税费项目，乡镇可用财力极少。县对乡镇只能保人员工资发放，对村的转移支付更少。尤其是边远贫困山区，行政成本高，工作条件差，工资补助没保证，干部思想不稳定。

    三是历史欠账较多，遗留问题难解决。税费改革后，由于历史欠账较多，兴办集体公益事业有事难议、难做，税费尾欠难解决，转移支付资金分配使用及跟踪监督不够。

    四是农村学校经费捉襟见肘，义务教育投入不足。农村学校实行了“一费制”，取消了教育集资，使得农村教育基础性工作所需资金投入严重不足。

    五是农村欠税无法偿还，村级垫税包袱无力解决。税费改革后，乡村两级垫付的农业税数额巨大，无力解决。

    六是债权无法清回，资产难以盘活。应收未收款项由于逾期时间长，不良债权比较大，没有得力办法消赤减债，导致资产难以盘活，想办的事没法办。"